AiiDA 的配置 – conda虚拟环境下的本体与交互插件安装
学习笔记 技巧分享
AiiDA 的配置 – conda虚拟环境下的本体与交互插件安装
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AiiDA 的配置 – conda虚拟环境下的本体与交互插件安装

AiiDA 与 Materials Cloud

简单来说，AiiDA 可以用于计算流程管理与重现和数据的共享。而 Materials Cloud 是一个数据与工具的分享平台。
AiiDA 的好处在于大一统的计算流程，可以在一个 Python 环境中解决大量数据管理问题，在重复性计算需要不断使用脚本的场景中可以起到很大的作用。

AiiDA

Materials Cloud

本文写于2021.04.13，使用的系统为 RHEL 8.3，在物理机和虚拟机中共复现两次后使用虚拟机版本 RHEL 8.3 记录 + 录制。

安装 AiiDA

首先尝试了全局安装 postgresql 和 rabbitmq，但是遇到了无法运行 py 文件、postgresql 连接莫名挂掉的问题，所以切换成了完全的 conda 虚拟环境安装。
不过为了万一以后还要切换回这条路，就不删除这部分记录了。

和 Anaconda 的 conda 命令类似，AiiDA 也有一个管理命令 verdi。verdi 的 setup 部分会采用 CLI 交互的方式，如果中途输入错了不能回到上一步，但是可以 Ctrl + C 退出重来。

另外，虚拟环境就这一点好，实在崩了救不回来了，conda remove – n ${VENV_NAME} –all 重新来过就好了，不怕系统爆炸。

全局安装（废弃）

postgresql:

安装:

sudo dnf install postgresql-server

系统会自动安装合适版本。

配置：

gedit /var/lib/pgsql/data/pg_hba.conf

改成下面的样子（::1/0这行比较重要）

# "local" is for Unix domain socket connections only
local   all             all                                     trust
local   all             aiida                                     trust
local   all             postgres                                     trust
# IPv4 local connections:
host    all             all             127.0.0.1/32            trust
host    all             all             0.0.0.0/0            trust
# IPv6 local connections:
host    all             all             ::1/0            trust
# host    all             all             ::1/128                 ident
# Allow replication connections from localhost, by a user with the
# replication privilege.
# local   replication     all                                     ident
# host    replication     all             0.0.0.0/0            ident
# host    replication     all             ::1/128                 ident

好像也有办法一次性修改（在 aiida-vasp 插件中讲的）

sudo sed -i 's/ident/md5/g' /var/lib/pgsql/data/pg_hba.conf

在成功配置好后，记得使用以下命令。另外，在启动时记得切换到有 aiida 的虚拟环境。

reentry scan -r aiida

conda安装方法

参考了以下教程 Install AiiDA in Conda

  1. 创建环境+安装主程序：
conda create -n aiida -c conda-forge aiida-core aiida-core.services
conda activate aiida
reentry scan
  1. 不应属于此处的插件安装

这里插一句，所有需要使用的插件请在此时安装！否则有的插件会 crash 掉后面需要设置的 postgresql，解决办法只有 verdi profile delete，或者干掉
~/.aiida 文件夹重新配置（说的是 aiida-raspa，其他的目前没有发现这个问题，但是为了以防万一还是这时候做吧）。所以在此时要提前执行一下下一段的 pip 安装：

pip install aiida-vasp aiida-cp2k aiida-gaussian aiida-orca aiida-raspa # 或者其他你可能用得到的程序插件

在每次安装完类似插件后，都要重新执行 reentry scan 命令，否则 AiiDA 找不到。

此外，以下所有的配置均需要在虚拟环境中进行，留意前面的 conda 部分是否是刚刚设置好的虚拟环境，如果重启，是会自动退出/换回 base 环境的。记得换回来。

  1. 配置 postgresql：
(aiida) $ cd /home/tkaray/ # 或者其他
(aiida) $ initdb -D mylocal_db
(aiida) $ pg_ctl -D mylocal_db -l logfile start
  1. 配置 rabbitmq：
rabbitmq-server -detached
  1. 启动 daemon（官网教程不适合）：
(aiida) $ verdi daemon start 2 # 这里的数字不能超过处理器内核数目

这时候会报错： Critical: no default profile defined: none

此时需要先运行：

verdi quicksetup

！！！此处需要注意，官网tutorial写的是先运行start后quicksetup，但是如果按照它的顺序就会报错。所以要反过来运行。

Quicksetup 步骤中需要写 profile name, mail, name, institution，其他的交给它来解决（不需要自己配置 postgresql 的账户、密码、权限、登录ip配置管理了）。

另外，此处只能写 quicksetup 不能写 setup，因为使用 setup 就需要输入 postgresql 的用户名，然而使用 conda 环境并不能用 postgres 用户进行配置，
因为conda环境并不会对该用户生效。

这些做完了，再按照官网的教程运行：

verdi daemon start
  1. conda 虚拟环境启动时的自动运行脚本

每次启动conda的时候，可能会出现rabbitmq，或是postgresql没有启动的情况，因此需要在启动conda虚拟环境的时候自动运行。
${CONDA_PREFIX}/etc/conda/activate.d/ 中添加以下脚本：

cd /home/tkaray/ # 改成你的用户名
pg_ctl -D mylocal_db -l logfile start
rabbitmq-server -detached
verdi daemon start
  1. 其它

全部配置好后，可以试着查看一下状态了：

verdi daemon status
verdi status

如果 出现了什么设置上的问题，需要删除 profile 再配置，需要输入：

verdi profile list # 看一下以前设置的名字
verdi profile delete quicksetup # 换成之前设置的名字

这里可以选择不删除数据库，并在下次自动连接。我没有对此进行尝试，选择了直接删除。但是如果在生产环境中，这样的操作可能会导致数据丢失。请万分注意选项。

配置 Aiida 的程序插件

由于 VASP 的插件教程写的最详细，所以在此处就继续参考它的方法了。但是请注意，前半段可能走不通，postgresql 会以各种方式 down 掉。因为这折腾了好几个晚上= =|| 所以我们仅参考以上配置后的部分。

AIIDA-VASP

  1. 添加新电脑
verdi computer setup

由于这次使用的是本机，所以我们要做的没有教程中这么复杂。Transport plugin: 可以选择 local ，消息队列选择了 direct。如果是远端需要使用ssh，还需要先设置好ssh登录用的key（见上面的原教程链接）。

Setup 过程没什么难点，中间弹出的两次 vim 窗口，一个是电脑运行所有 code 前会先执行的内容，用于配置环境变量。后面是结束后的内容。这里会看到
要求 MPI 版本，也就是至少要安装 intelMPI，openMPI，MPIch 中的其中一种。
对于我们来说，就在运行前（第一个 vim 窗口）写上以下内容吧：（没有测试过不写会不会出错，一般情况下重新 source 一次都没问题，以防万一就一直写着了）

source /home/tkaray/.bashrc

然后按照程序提示执行代码

verdi computer configure local ${YOUR_COMPUTER_NAME}
  1. AiiDA-VASP 的安装

VASP 版本的插件在文档中写的很清楚，其他程序也大同小异。如果找不到 input plugin，记得运行 reentry scan。

% verdi code setup
Info: enter "?" for help
Label: vasp
Description []:
Default calculation input plugin: ?
Info: Default calculation plugin to use for this code.
Select one of:
      arithmetic.add
      templatereplacer
      vasp.vasp
      vasp.vasp2w90
Default calculation input plugin: vasp.vasp
Installed on target computer? [True]:
Computer: mycluster
Remote absolute path: /usr/local/calc/vasp/vasp
Success: Code<1> vasp@mycluster created
  1. AiiDA-RASPA 的安装

关于RASPA的插件，如果在配置好quicksetup之后安装（如前所述），会带崩和 postgresql 数据库的连接。此时需要的是删除 profile，重新 quicksetup 连接数据库。应该可以选择保留数据库内容，这样就不会丢（大概）。但是这个操作很危险，如果不小心删错了数据就全完蛋了。
还好目前没有发现其他插件出现这个情况，但是还要小心。

# 如果你的 verdi status 显示数据库错误，执行下面的命令，没有错误就不要执行！！！
verdi profile delete ${PROFILE_NAME}
verdi quicksetup
  1. 关于 RASPA 安装中自己的错误

因为在verdi code setup步骤中环境变量设置有问题，在将相对路径改为绝对路径之后写错了，所以折腾了整整一天。最后是在aiida-files（设置的节点暂存目录）中挨个翻节点内容，找到了_scheduler-stderr.txt 中的未找到共享库错误才发现的。看来以后如果节点出错，可以在节点暂存目录中翻翻看。

error while loading shared libraries: libraspa2.so.0

这样的错误一般都是由于 LD_LIBRARY_PATH 环境变量设置有问题造成的。所以使用

verdi code delete raspa
verdi code setup

重新设置一下运行前变量就好了。

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