Diamond Crystallography Software FAQ(持续更新)
Diamond Crystallography Software FAQ(持续更新)

Diamond Crystallography Software FAQ(持续更新)

@tkaray CC-BY-NC 4.0

本FAQ针对Diamond使用的常见问题作出解答,,欢迎讨论质疑与协助补充。

用前必读:

  1. 请使用非正式授权(你懂的)Diamond的同学关闭自动更新。点击自动更新的结果是再重装一次。
  2. 请在使用过程中记得经常使用ctrl+s快捷键进行保存。

导入与导出:

Q: (Diamond 3.x) 为什么导入cif时程序会崩溃?

A: 可能是因为导入的是包含有hkl数据的新版cif文件。请将cif在记事本中打开后删去hkl的部分。由于长度较长,最简便的操作是将前半部分选中后复制,全选,粘贴,保存(ctrl+c,a,v,s)。

Q: 导出什么图片格式比较好?

A: 对于输出到Photoshop或Powerpoint的图片,建议选择.png格式。对于导出到3DS MAX的三维模型,请选择.wrl格式。

Q: 为什么我导出的图片很小?

A: 请在Picture-Layout中选择Bitmap,并设置好DPI。对于一般的论文插图,请使用300以上的DPI。为了在后期导出时减少误操作可能,建议在第一张图就更改此设置。此外,如果在绘制时卡顿严重,可以将此项调为默认设置,以减少电脑压力。

图像绘制

Q: 如何快速切换选择、移动、旋转、缩放模式?

A: Diamond没有切换模式的快捷键。但是,在选择模式以外的任意模式均可以使用Escape(ESC)回到选择模式。

Q: 为什么调整全局外观设置会使得部分原子、化学键的外观发生改变?

A: 全局外观设置会覆盖目前所有的个体外观设置。所以在修改外观时,请尽量使用全局外观设置进行修改,尽可能不要通过选择后双击的方式修改。

Q: 为什么默认的颜色很丑?

A: Diamond的特点是每一种元素的颜色都不同。请使用自定义颜色修改成自己满意的颜色,Diamond会自动记忆。此外,在颜色设置面板中会记忆最近设置的自定义颜色(在自定义颜色按钮上面一行),可以在此处快速设置。建议在绘制第一张图时就进行颜色设置,这样在后续的图中都会保留最初设置的颜色。

Q: 为什么键会一边大一边小?

A: 当化学键宽度大于原子直径时,就会出现这种情况。此外,视角设置也可能会导致这个问题。

Q: 多个多面体重叠、交错时,叠放次序的错乱和错误的透明度如何解决?

A: 请使用Photoshop对出现渲染问题的部分进行修改。修复画笔和图层蒙版可能对解决问题有所帮助。

绘制技巧

Q: 假原子如何批量插入?

A: 第一种方法,使用insert atom插入后设置成键,通过一次生长操作生成。第二种方法,插入一个假原子后使用fill命令填充。建议不要在同一坐标的多处位置使用多次插入假原子命令,容易在需要多种假原子的结构中出现问题。

Q: 需要将穿插或自穿结构的每一套绘制成不同外观,如何快速操作?

A: 将所有元素在一张图中绘制会眼花缭乱。请善用复制粘贴功能。在同一套结构的不同图之间可以进行互相复制粘贴操作。其中,原子、化学键会发生外观覆盖,多面体不会(3.x会在一个中心产生多个多面体,4.x尚待验证)。

Q: 如何批量插入距离为10以上的键?

A: 4-10距离的键可以通过直接修改范围得到。但是10以上的需要通过在成键设置页修改范德华半径比例范围插入。不断的修改与reset直至到达所需的长度范围。在插入后需要对结构进行检查,不需要的键可以通过对Table of created bonds以长度排序进行批量删除。

Q: 以化学键作为孔道内插入棒时,键不够粗怎么办?

A: Diamond对于化学键有2.5埃的限制。当键不能达到2.5埃时,请将两端原子大小调整至2.5埃以上;如果2.5埃不足以达到所需的粗度,请在晶胞大小设置中酌情等比例缩小a,b,c。请注意:这项设置会使得整体尺寸比例发生变化,建议在文档中复制一个新Structure。

Q: 想要做叠放、透明度、渐变等效果?

A: 比起研究Diamond如何做出,不如选择Photoshop叠图层,加蒙版。

Q: 对颜色和材质依旧不够满意?

A: 请使用POV-Ray或3DS MAX进行二次渲染。进行3DS MAX的准备如下:将化学键改为单色键(thick),将每种原子的尺寸半径改为不同值,保存格式选择.wrl格式。建议使用VRay渲染器,相比默认的3DS MAX的材质、灯光、渲染下限更高。

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